D'un point de vue narratif ça se justifie par le fait qu'au début il lui explique son plan machiavélique comme il l'expliquerait à un enfant, donc à l'audience. En plus à la fin de l'épisode/du film c'est souvent la bêtise de l'assistant qui est la cause de l'échec du plan (ça et un peu les actions du héros de l'histoire) ce qui permet de maintenir le statu quo pour l'épisode suivant. Et puis c'est rigolo de le voir se faire engueuler.
Et bien entendu, établir une relation crédible entre deux gros méchants est (beaucoup) trop complexe que ce soit pour les scénaristes ou pour les enfants qui suivent l'histoire
Mais d'un point de vue scénaristique, ça peut aussi se comprendre.
Si l'assistant du génie du mal était aussi intelligent et mauvais que son maître, il lui faudrait pas longtemps pour se mettre à comploter, le trahir et prendre sa place étant donné qu'il est au courant de tous ses plans dans les moindres détails. Et c'est un risque que le grand méchant refuse de prendre.
Si l'assistant est quelqu'un de vraiment bon, il réalisera que ce qu'il fait est mal et quittera son service.
ça s'est déjà vu que quand on associe deux méchants, ils se méfient l'un de l'autre, se disputent et se trahissent. Au moins avec un second moralement neutre, ni bon ni mauvais, le grand méchant peut avoir une totale confiance en sa fidélité (mais pas en sa compétence
).Et j'imagine que le méchant aime être flatté par son assistant qui s'émerveille sincèrement de la complexité de ses plans sans jamais le discuter, chose qui ne serait pas possible si l'assistant était intelligent.