Ben c'est surtout que ça permet à l'état de faire d'énormes économies... Les programmes des établissements sous contrats sont exactement les mêmes que dans le publics (il peut y avoir des cours d'éducation religieuse ou de catéchèse, mais facultatifs), les enseignants sont payés par l'état, mais tout ce qui est entretient/locaux/budget de fonctionnement est payé par l'enseignement catholique (ou les autres structures autorisées).
Il ne faut pas oublier aussi que, contrairement à ce qu'on dit, seule une minorité d'établissements privés sont des établissements que l'ont pourrait qualifier d'élitistes. La grande majorité sont des établissements d'un niveau "normal", et il y a même très souvent des établissements (c'est le cas par exemple à Montpellier du collège St J.B. de La Salle) où sont récupérés tous les élèves dont personne ne veut ailleurs (on est proche de la structure spécialisée, mais sans les moyens associés).

Après, il y a peut-être des débordements dans le privé qui n'est pas sous contrat (en particulier, certaines sectes ont des instituts d'enseignement pour lesquels l'EN n'a aucune visibilité), mais ça me gonfle un peu de lire des gens dire que "[l]es impôts servent à financer des écoles de bonnes soeurs" quand c'est tout simplement faux (par contre, effectivement, comme ce sont tes impôts qui servent à subventionner en partie l'entretient des monuments historiques et que certains établissements sont ainsi reconnus, tes impôts peuvent d'une autre façon aider à l'entretient de locaux qui appartiennent soit à l'évêché soit à des congrégations religieuses, mais quand on voit les obligations que l'on a lorsque l'on occupe des monuments historiques, c'est pas toujours un cadeau ).