Bon, après vérification il semblerait que ce comportement curieux soit malgré tout voulu : http://dev.mysql.com/doc/refman/5.0/en/charset-unicode-sets.html

For example, the following equalities hold in both utf8_general_ci and utf8_unicode_ci (for the effect this has in comparisons or when doing searches, see Section 9.5.6, “Examples of the Effect of Collation”):
Ä = A
Ö = O Ü = U

Par contre c'est pratique, ils ne disent pas quel collate choisir quand on ne veut *pas* que ces lettres soient considérées comme égales (ce qui me semble pourtant être le cas le plus utile ?), et je ne suis même pas sûr que ça existe... :/