Question idiote : ta pédale d'embrayage est plutôt haute / basse ? Car trop basse les vitesses passent mal, mais trop haute aussi hein
(pour vérifier, essaie de passer les vitesses en appuyant peu sur la pédale, vois si ça passe mieux ou moins bien) ...et quand le moteur est éteint, sans appuyer sur la pédale d'embrayage, les vitesses passent bien ou accrochent aussi ? Tu avais changé la fourchette d'embrayage quand tu as changé l'embrayage (classique sur ces autos) ?
...même si la boite peut être la cause de tes soucis, la tringlerie, l'embrayage ou un mauvais réglage peuvent l'être tout autant (oui oui je sais tu viens de tout changer, mais on est jamais à l'abri d'une erreur).
Jette un oeil au système de tringlerie aussi, vois si quelques réglages changent les choses (en mieux ou en pire d'ailleurs ^^)
++
PS : si tu sais passer les vitesses à la volée (donc sans débrayer) ou si tu connais quelqu'un qui sait le faire, fais un essai sur plusieurs Kms : si c'est la boite/tringlerie ça passera aussi mal, si c'est l'embrayage ça passera nickel