l'extension n'est qu'un prolongement du nom destiné à nous y retrouver, il n'y a que windows qui les utilise extensivement pour savoir comment traiter des fichiers, et que DOS qui les stockait de manière séparée. Tous les autres OS que je connaissent mettent l'extension dans le nom.
le souci (on y vient de plus en plus près
) c'est que tu mélanges "fichier .exe" et fichier exécutable pour la plate-forme windows. Je suis d'accord, c'est un abus de langage très répandu. Mais quand on rentre dans des explications comme celles là, il est bon de mettre les points sur les "zis". 
ah, et tiens, en passant, .exe .dll .ocx et .cpl c'est exactement le même format
http://en.wikipedia.org/wiki/Portable_Executable
et désolé en passant, c'est pas packed executable c'est portable ^^