Moi je pense que si ton HTML est bien conçu (évidemment du HTML avec information & présentation mélangées dedans ça marche pas très bien ), tu as quand même une grande liberté dans la disposition de tes pages.
Après c'est vrai que même si bon nombre d'informations ont une mise en page évidente, tu n'as pas de balise HTML spéciale pour représenter un élément évolué tel qu'un post ou article dans un forum/blog/site de news/je ne sais quoi encore, du coup tu limite un peu tes possibilités de mise en page.
Et sur ce point là effectivement tu ne peux t'en tirer qu'avec du XSLT à l'heure actuelle
Enfin bon, au niveau des blocs principaux de la page tu peux changer quand même pas mal de choses (faire joujou avec des position: absolute et position: fixed marche très bien sur les blogs de yN par exemple). A mon avis ce qui manque surtout à XHTML + CSS c'est de pouvoir définir des blocs "importants" (type post de forum, news de blog, etc ^^) qui se comporteraient comme une "sous-page" vis à vis de la disposition (tu pourrais par exemple faire un "position: relative-absolute;" pour mettre ton élément ou tu veux dans la "sous-page" en cours), et ça règlerai à peu près tous les problèmes ^^
(Ceci dit j'ai jamais lu le draft CSS3 en entier c'est peut-être déjà dedans, mais j'en doute quand même ^^)