Autant que je me souvienne, le profil est bien récupéré et je n'ai eu aucun souci avec les extensions (d'autant que ça fait des années que j'ai Fx 64 bits sur Linux et que j'avais du 32 bits sous Windows, avec les modules synchronisés).
Je ne sais plus si les deux s'installent de façon concomitante (il me semble que non).
Par contre, il est possible qu'au premier démarrage le profil ne soit pas récupéré correctement (raccourcis absents). Refermer Fx et le rouvrir résout le problème (on a eu ce mini souci quasi systématiquement au boulot quand on est passé de la distribution classique à l'ESR).