On renomme les fichiers touchés, on fait un cvs up (ce qui restaure les sources "perdues"), on remet sa version par dessus et on refait le commit.

C'est une autre méthode, mais bon... , quoi. Ce genre de contorsions montre juste que CVS n'est pas à recommander pour des projets sérieux, même quand la taille du repository reste suffisamment faible pour que les performances ne s'en ressentent pas trop...

Et il y a d'autres grands projets qui utilisent CVS, par exemple Fedora gère ses specfiles dans un CVS.