Les autotools, c'est pas mal pour la sélection de configuration et la portabilité, mais la marche à l'entrée n'est pas forcément très petite à franchir...

Mais si tu veux vraiment un système de build pour lequel c'est ch*** de faire des build files, je te conseille d'essayer Maven
A travers son système de plugins, tu peux compiler un peu tout, quitte à faire ton propre plugin (en Java). C'est assez générique et puissant, mais plutôt lourd... et puis surtout, ça ne bouffe que des dizaines de lignes de XML pour les trucs les plus simples, des centaines quand on veut faire des trucs un peu complexes. Ca, c'est vraiment le pied