En fait y'a quand même un truc sympa dans automake, c'est qu'il te cherche les dépendances tout seul.
Parce que maintenir soi même la liste des .h en dépendance des objets c'est super galère. Et si tu le fais pas, t'es obligé de faire un make clean à chaque modification de header.

autoconf... c'est bien pour les gros projets capables d'activer ou de désactiver des fonctionnalités selon les libs présentes sur le système. Faut en avoir l'utilité, sinon c'est juste un gros tas de bordel inutile.