Attention, le plus souvent c'est la merde parce que les applis sont mal faites. En principe la base de registre ne devrait stocker QUE des paramètres, et elle devrait être initialisée lors du lancement de l'application. Ce n'était pas obligatoire avant Windows Vista, du coup certaines applis font un peu n'importe quoi (créent les valeurs dans la BDR à l'installation par exemple) et refusent de se lancer lorsque tu déplaces simplement leur répertoire sur une nouvelle machine.
Par contre sur une nouvelle machine tu perdras systématiquement les paramètres. Perso ça ne me gêne pas, au contraire, mais je comprends que ce soit la merde. La meilleure solution à mon avis est bien le fichier .conf dans le répertoire de l'appli pour les paramètres propres à une application. Mais pas dans le répertoire du binaire bien sûr, plutôt %AppData%. A voir comment bien gérer l'arborescence et éviter les conflits (perso je n'aime pas les dossiers .monAppliTropPourrie dans mon dossier Home, c'est pas sa place je trouve, mais c'est une question de philosophie).
Par contre pour les paramètres partagés, alors là c'est autre chose, et la base de registres n'est pas forcément si mauvaise finalement...