C'est déjà le cas, il s'appelle NTUSER.DAT et est dans ton home. Bon je l'aurais peut-être plutôt vu dans AppData\Roaming et AppData\Local mais soit. D'ailleurs on voit bien le bordel que c'est le répertoire HOME dès qu'on affiche les fichiers cachés, sans parler de tous les répertoires .quelquechose de linuxiens qu'il faut cacher à la main

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Sinon comme Nil a dit c'est clair que ça a tous les défauts d'une base de données quoi (à part XML, qui reste human-readable, au prix des performances). Avoir un dossier de configuration (ou des "fichiers" écoutés par un processus à la UNIX) peut sembler meilleur à priori, mais il pose les mêmes problèmes que la BDR, en plus d'alourdir le système de fichiers (alors que sous Win ça ne pollue que la BDR, qui n'est pas utilisée en permanance à part par l'explorateur de fichiers).
Ca c'est pour le système. Par contre en tant que développeur d'applications, je suis partisan de mettre plutôt toute la configuration non-partagée dans un fichier XML dans AppData, même si la sécurité et les performances sont moins bonnes (à la limite la suppression volontaire ou la corruption de ce fichier ne poserait aucun problème, on aurait juste à avertir l'utilisateur et lui demander de reconfigurer). Ensuite pour la config à laquelle d'autres applications pourraient avoir accès, ou pour les éventuels "tweaks" que d'autres applications pourraient configurer, là autant utiliser la BDR, qui est optimisée pour ça.
(on a moins de risque de se planter en éditant la BDR avec regedit qu'un fichier de config avec VIM par exemple, et Windows versionne automatiquement la BDR donc au pire si on a tout cassé ça ne pose pas vraiment de problème)