Ton patch ne corrige pas le plantage avec _FORTIFY_SOURCE.

    if (calctype == CALC_TI89) strcpy(header.signature,SIGNATURE_TI89);
    else                       strcpy(header.signature,SIGNATURE_TI92P);

déborde d'un octet. (Oui, ça déborde dans fill1 que tu écris juste après, mais _FORTIFY_SOURCE détecte quand-même le débordement et arrête le programme avec une erreur.)

Le code dans ttbin2oth (bin2oth.c):

    if (calctype == CALC_TI89) strncpy(psh->signature,SIGNATURE_TI89,8);
    else                       strncpy(psh->signature,SIGNATURE_TI92P,8);

est correct.