Je pensais plus à la simplification des programmes. Une arborescence de base serait pas mal. Aller lire un fichier de conf dans /etc/ ou écrire un fichier de sauvegarde temporaire (dans une IDE ou un éditeur graphique ou que sais-je encore), ça peut être bien aussi (perso j'importe mes headers depuis /include/ s'ils sont pas dans le répertoire de sources

).
Le but serait d'éviter de regarder si un tel répoertoire existe ou non, et d'agir en conséquence (ça prend de la place pour pas grand chose en fait). Le pire serait qu'un proramme crée un répertoire qu'il inscrive dans system\temp ou system\home (si les variables n'avaient aucune valeur auparavant) à l'insu du plein gré de l'utilisateur.