Elles ne ralentissent pas l'ordinateur ! Ca alourdit le disque dur, oui.

Plus il y a de choses sur le disque dur, plus certaines opérations habituellement déclenchées par le cron (base de données pour locate, certaines opérations effectuées par chkrootkit|rkhunter|tiger, etc.) sont lentes.

./60: je faisais surtout référence au "trois millions de dépendances à installer aussi" de ./56
La fréquence de la casse des configs dépend largement du style de gestion des nouveautés adopté par une distro. Sur des distros très bleeding edge, la stabilité peut ne pas être super, et les casses sont plus fréquentes lors des mises à jour... Sur des distros qui se focalisent plus sur la stabilité, c'est plus rare, même si une erreur arrive occasionnellement.
Encore une fois, on peut faire le même reproche à Microsoft sur les deux plans: les betas et CTP de Vista n'étaient pas super - même la release finale de Vista au 31 janvier 2007 n'était vraiment pas super sur certaines machines (largement la faute des drivers, mais quand même...) . Et il arrive que des mises à jour de Windows fassent pas mal de casse sur certaines machines.