Le e a certainement été prononcé à un moment ou à un autre, oui, mais àmha comme une syllabe distincte (atermoihement, quoi), donc pas un trigramme. Je pense que c'était pareil pour eau (sans doute autrefois prononcé ehau, cf. aussi Jehan -> Jean). Ces e sont devenus muets en même temps que la plupart des e, je dirais ^^
Ces commes dans les participes passés en u, autrefois eu prononcé eü, le e est tombé dans la prononciation, sauf que dans ce cas précis on a aussi cessé (bien plus tard ) d'écrire le e (sauf dans "eu" tout court, pour une raison mystérieuse, peut-être que ça défrisait les réformateurs d'avoir un participe passé d'une seule lettre, en même temps on a déjà "a" donc pourquoi pas "u", enfin bon je sais pas ^^)


Bon sinon, non seulement je n'ai pas l'impression qu'il y a trois e/eu différents, mais par contre j'ai celle qu'il y a trois é/è différents : il y a le é complètement fermé, le è complètement ouvert, et le ai qui quand il n'est pas suivi d'une consonne (typiquement dans : j'ai) est intermédiaire. Petit sondage : dans « j'ai mangé » et dans « j'ai fait », est-ce que l'un des deux rime pour vous parfaitement, et lequel ?