Hmm ça semble logique que ça prenne toujours la version du fichier dans "local" quand elle existe, et tout ce que tu fais consiste juste à spécifier à GCC avec -I des répertoires qu'il connaît déjà, donc c'est sans effet sur le résultat. Il te faudrait plutôt l'option inverse, celle qui exclut un répertoire
D'après la documentation, tu peux utiliser -nostdinc pour ne pas inclure automatiquement les répertoires systèmes, ce qui à priori devrait te permettre de spécifier manuellement les répertoires que tu veux utiliser (et leur ordre) lors du préprocessing. Mais c'est peut-être peu crade comme méthode.