En général il me semble que les flags sont des masques à utiliser avec les opérations logiques | et &. Après, tu peux utiliser une convention différente, c’est juste un peu déroutant pour ceux qui ont l’habitude d’autre chose.
Donc pour ton cas, voici ce qui me paraîtrait le plus naturel :

// Dans asti68k.h
#define FLAG_ADDA_SUBA 1
#define FLAG_LEA 2
#define FLAG_MOVEM 4
#define FLAG_QUICK 8
…

// Dans config.h
#define DEFAULT_FLAGS (FLAG_ADDA_SUBA | FLAG_MOVEM)

// Quand tu veux tester un flag
if(flags & FLAG_MOVEM) {
  …
}

// Quand tu veux placer un flag
flags |= FLAG_ADDA_SUBA;

(PS : pourquoi mon [pre] chie ?)