En pratique, j'utilise Time Machine pour mon disque système en entier (y compris les fichiers sous subversion), et rsync pour les autres.
De toute façon, je ne connais pas de système parfait pour tous les usages  Ça ne me viendrait pas à l'idée d'avoir un truc qui ne garde pas les versions pour mes documents, tout comme ça ne me viendrait pas à l'idée d'avoir un truc qui garde les versions pour les films