Perso, j'ai longtemps hésité entre les différentes solutions. Je cherchais quelque chose qui fasse serveur de fichier, mais qui ait aussi d'autre fonctions et qui supporte le RAID (ce qui était un des éléments gênants quant à la solution laptop, avec la nécessité d'avoir des disques externes en plus - donc des alimentations supplémentaires à gérer, etc.).
J'ai pris un serveur domestique Synology (un DS210j, 2 disques max, et c'est la version avec un processeur un peu moins puissant que la "non j"). Il est livré avec un Linux particulièrement bien foutu (l'interface d'administration est exemplaire, le nombre de services présents dans la distrib de base est vraiment appréciable, on peut accéder au shell en SSH et il y a un gestionnaire de paquets - non officiel - qui permet d'étendre la bête).
Le prix est un peu élevé par rapport aux autres solutions. Comme je m'en sers non seulement de système de stockage mais aussi de sauvegarde, j'ai investi dans 2 disques de 1To montés en RAID 1. En plus, il est silencieux (sauf 5 secondes au démarrage), même s'il n'est pas fanless.
Concernant le gestionnaire de paquets, c'est ipkg. Comme il y a énormément de configurations hard différentes (ARM, x86, etc.) pour les Synology, ça peut avoir des incidences sur la disponibilité des packages (pour mon modèle, par exemple, j'ai dû un peu bricoler pour installer ipkg, mais il y a énormément de ressource sur les forums de Synology).
Autre point à savoir : les packages sont indépendants de la configuration initiale. Si on a besoin d'un serveur Apache+PHP différent de celui présent de base, on l'installe et il vient se mettre en sus du service déjà présent ; les services déjà présents ne peuvent pas recevoir de nouveaux modules - typiquement, j'avais besoin de Webdav pour mes synchros d'emploi du temps, et j'ai dû installer lighttpd (je n'avais pas besoin d'un second Apache juste pour ça) qui tourne en plus de l'Apache de base (dont je peux désactiver le service, mais pas le désinstaller - je ne sais pas si je suis clair

).
Enfin voilà, c'est certes moins souple qu'un boitier mini-itx monté soi-même, mais l'interface est quand même très agréable.
http://www.synology.com/enu/products/DS210j/index.php