Ca fait bien longtemps que je n'ai pas développé pour autre chose que pour le Web, mais je pense que ça vient de plusieurs points :

[ul][li]Du temps passé à s'occuper du rendu
[ul][li]Pas d'outil de design WYSIWYG vraiment efficace
[li]Besoin d'utiliser plusieurs compétences (le langage de programmation, le HTML côté rendu, le xml s'il y a des données à faire transiter, le javascript...) qui ont toutes des niveaux de debug, de logique et de subtilité différents
[li]Même pour une application "toute bête", le client a besoin que le look soit soigné parce que ça sera "comme un site web"
[/ul][li]Du temps passé à s'occuper de la sécurité
[li]Du temps passé à s'occuper des échanges de données entre les pages (là où, dans une application normale, un objet vit toute la durée du programme, il faut s'occuper de le faire transiter de page en page)[/ul]
Par contre, il faut avouer que pour tout ce qui est échange de données en réseau, ça permet ne faire abstraction de toute la partie système qui est gérée par le serveur Web.