Si le disque gratte une fois que la machine a démarré c'est peut être tout simplement qu'il continue de charger des trucs en arrière plan (le bureau apparaît déjà mais seuls les services essentiels ont été démarrés). Surtout sur une machine de boulot, qui est généralement toujours ultra-lourde (antivirus, etc.).
L'indexation n'est en principe activée activée que sous Vista/7, tu peux la désactiver mais je ne pense pas que ça vaille la peine, c'est vraiment pratique de pouvoir trouver n'importe quoi d'une seule touche une fois qu'on y est habitué. Par contre je désactive notamment l'indexation, superfetch et la défrag automatique dans les VM (et généralement Aero aussi).