Perso ca ne m'a jamais rien casse. Niveau configuration, tu peux choisir tous les combien de temps ca va verifier pour les MAJ (en minutes, heures ou jours), lesquelles tu veux voir apparaitre (tu as 5 niveau, par defaut les 3 premiers sont coches, ce sont 1 les pacquets de la distrib, 2 les paquets recommande testes par mint, et 3 des paquets non testes mais connus pour etre safe. 4 et 5 sont les paquets qui peuvent cracher la machine). Il y a une petite icone qui change qui t'indique qu'il faut faire la mise a jour, tu as juste a cliquer, cliquer sur installer et le mot de passe.

Pour les auto updates, j'ai trouve ca : http://community.linuxmint.com/tutorial/view/1217
(mais il n'y a pas d'option de base )