1-
Tu as deux compteurs : le score et le multiplicateur (classique).
Les ennemis ont quatre (ou autre, c'est pour l'exemple) couleurs possibles (par exemple rouge-jaune-vert-bleu).
Tu as des combinaisons qui apparaissent à l'écran, combinaisons faites au hazard ou alors calculées pour être réalisables en fonction des ennemis disponibles. Par exemple, tu peux avoir "rouge-vert-bleu", et tu récoltes un bonus si tu réalise la combinaison en tuant des ennemis de ces couleurs dans le bon ordre.
Une nouvelle combinaison apparait en cas d'échec (rouge-vert-jaune par ex), au bout d'un délai ou en cas de succès.
Une façon de prendre en compte le bonus est d'incrémenter le multiplicateur à chaque combo réussi (on peut aussi jouer sur la difficulté du combo, par ex +1 pour une combinaison de trois couleurs, +5 pour une de 5, etc), de le remettre à 0 en cas d'échec (combo breaker). Après, on multiplie les points standards pour la descente d'un ennemi avant de l'ajouter au score).
2-
Toujours avec des ennemis de couleur.
Tu as à côté de ton écran de shoot un panneau à la Tetris Attack, composé de blocs de couleurs correspondantes aux ennemis, et à chaque fois que tu tues un ennemi d'une couleur ça élimine l'un des blocs de cette couleur
Par exemple un bloc de chaque couleur peut être en surbrillance dans le panneau pour dire lequel sera éliminé. Et à partir de là, élimination de blocs en cas d'alignement, combos, etc 
edit :
3-
Variante sur le thème précédent, au contraire, le panneau est vide et se remplit (des blocs tombent de droite à gauche) avec des blocs de couleurs correspondants aux ennemis, et quand il est plein, les simplifications s'effectuent, le score monte, et il se vide.