Ecoute Folco, les paquets qui compilent pas je les ai vu de mes yeux (Je pense entre autres à des trucs comme des drivers Wifi ou à DirectFB), alors arrête de croire que le monde de Linux est parfait et gère parfaitement le 64 bits depuis 7 ans parce que ce n'est certainement pas le cas. (Non en fait il y a seulement 3 ans ça ne fonctionnait encore pas parfaitement, même si globalement ça se tenait sans trop de problème. La version officielle AMD64 d'Ubuntu était encore officiellement déconseillée…)
Après il y a sans doute une différence que tu n'assimiles pas, c'est que sous Linux tu es obligé de tout recompiler. De plus le multilib sous linux fonctionnait pas/mal au début. (Et il fonctionne en fait toujours mal)
Sous Windows les développeurs bénéficient d'une rétrocompatibilité garantie sous réserve de respecter les API officielles, donc leurs applications fonctionnent directement avec un système 64 bits, ce qui n'est presque jamais le cas avec Linux. (Tu commences à voir où je veux en venir ?)
En fait Linux n'avance pas plus vite. Les développeurs sont juste totalement forcés de s'adapter, et perdent donc du temps à porter leur code en x64 au lieu d'ajouter des nouvelles fonctionnalités comme le font ceux qui, sous d'autres OS (Mac ou Windows quoi…) ont privilégié les fonctionnalités à l'architecture native. (Et pour l'avoir vu en vrai, Windows XP x64, bien qu'un peu batard, fonctionnait au moins aussi bien que Linux si l'on compare chacun à sa version 32 bits de l'époque)
La différence est le choix. Sous Windows tu l'as et sous Linuxbidule[iu]x tu ne l'as pas. (En fait , même si tu voulais avec ta super nouvelle application de la mort qui tue, ne supporter que le 64 bits, des abrutis viendraient te faire chier pour le support 32 bits has been, au point peut-être d'en faire un fork spécial… Enfin bon, si ce sont les autres qui font ce boulot, y'a pas trop à s'en plaindre tant que ça ne vient pas dégueulasser ton code)

Quand au truc de plugins de Safari, il permets certes d'exécuter Flash 32 bits, mais n'est-ce pas à la base dans le but principal d'isoler ce plugin qui plante souvent du navigateur lui-même ? (Et c'est seulement depuis OSX 10.6.3 et 10.6.4, non ?)
Et pour Firefox, non Folco, Firefox n'a pas "aussi" résolu le problème. Quelqu'un (c'est peut-être un gars de Mozilla certes, je n'en sais rien) a écrit nspluginwrapper, mais ce n'est pas du code intégré dans Firefox, c'est un truc à installer séparément. (Il me semble d'ailleurs que de ce fait Flash pouvait fonctionner dans tous les navigateurs GTK, et pas seulement Firefox…)