OK, alors j'ai fait mes tests, et voilà ce qu'il en ressort : renseigner le build path pour un projet JEE dans Eclise Helios semble copier les JAR utilisés dans le répertoire WEB-INF/lib. Donc, ça, c'était OK.
Une fois copié les fichiers hibernate.cfg.xml ainsi que mes .hbm, ça va un peu mieux. Mais par contre, j'ai systématiquement des packages qui se recréent (monpackage.dao, monpackage.base) à chaque build – dont je n'arrive pas à avoir la trace, y aurait-il moyen ? –, et les fichiers sont prévus pour Hibernate 2, alors que je travaille avec la version 3…

[Edit] Au fait, merci CoppeR