Zeph (./26) :
Le switch -M génère effectivement les règles de dépendance, mais pour une raison qui m'échappe il supprime tous les chemins relatifs dans les noms des règles. Du coup un "gcc -MM src/main.c" va sortir quelque chose dans le genre :

main.o: src/main.c src/header.h

Il faut utiliser -MD pour générer les .d en effet secondaire de la compilation, c'est comme ça que c'est le plus efficace, et en plus ça marche bien avec les chemins relatifs (je fais exactement comme toi pour le placement des sources et des .o).