Les problèmes avec OpenJDK, c'était surtout du code non-standard qui utilise des interfaces internes à l'implémentation (notamment com.sun.* et sun.*), implémentation qui a changé par endroits pour des raisons de licence. (Et encore, ce problème était encore plus fréquent avec GNU Classpath qui était une implémentation totalement différente.) Maintenant, avec Java 7, ils ont viré ces interfaces non-standard aussi de l'édition propriétaire pour éliminer les différences entre les 2 versions, et les développeurs gueulent que c'est "incompatible", mais AMHA ils ont bien fait. Ces interfaces n'auraient jamais dû être utilisées, et maintenant les développeurs sont obligés de rendre leur code portable comme l'était le but de Java dès le départ. (Et pour les interfaces internes qui restent dans Java 7 et OpenJDK, le compilateur se plaint maintenant avec un avertissement (warning) quand on essaie de les utiliser.)

Niveau intégration avec le système, IcedTea (la version de OpenJDK distribuée en pratique) a toujours été en avance sur l'édition propriétaire.