Pen^2 > Debian 6 propose de chiffrer intégralement le disque dur lors de l'installation (mais ce n'est pas avec TC).
Astuce : prends un mot de passe indépendant du clavier azerty ou qwerty

Ceci dit, même sur une machine physique, tant que la chaîne n'est pas intégralement signée et le disque chiffré, tu ne peux rien garantir... (c'est tout l'intérêt du Secure Boot, par exemple).
Mais bon, chiffrer le disque dur est un bon début.