jquery est juste la pour faire jolis, le vrai truc c'est nodejs qui tourne sur le serveur
à ta place je m'inspirerais de qq chose comme ca :
http://gonzalo123.wordpress.com/2011/05/09/real-time-monitoring-php-applications-with-websockets-and-node-js/
php envois à node son avancement qui le distribue au navigateur
mais bon, ca ne servira pas à grand chose si ce n'est pas cette connections persistante qui fait ramer le cul ^^
c'est lent en permanence ou à l'append sur #proutprouttagada ?
ta un event sur chaque sous bloc de #proutprouttagada ?
éventuellement essayer de mettre celui ci dans un <select> ou un <textarea> plutot qu'un div ? (3go de ram ça fait peur ^^)
tu parle d'un tableau qui s'augmente avec chaque entrée, ta beaucoup d'info dedans ? c'est des chaines ou un objet ?
sauver des références simples et demander au serveur les détail au besoin ne serais pas envisageable ? (ici node pourrais stocker l'objet lui même, voir le partager au client avec nowjs)
edit > après, vu que ton code est censé tourner 15 minutes tu peu certainement te passer de node pour que php discute directement avec le js via websocket
bref un php avec le squelette html+le js, et un php qui fait lui le traitement et envois l'avancement