Dans GIMP (je viens de tester) :

1) Calque -> Transparence -> Ajouter un canal alpha (pour pouvoir créer de la transparence, vu que l'image est opaque par défaut)

2) Outil -> Outils de sélection -> Sélection par couleur

3) Cliquer sur une zone contenant la couleur à rendre transparente pour sélectionner toutes les zones ayant cette couleur

4) Appuyer sur Suppr.

Et hop !