Si je ne me trompe pas, une bonne implémentation du comptage devrait avoir une complexité algorithmique en O(n), donc ça devrait être plutôt rapide… (Sauf si tes séquences comptent des millions d'éléments
)
Dans l'idée, il te faut un tableau de meilleurs couples (taille k = nombre de couleurs) et un tableau de comptage (taille k * k = carré du nombre de couleurs).
En gros tu parcours une seule fois tes deux séquences (simultanément), et tu compte chaque paire dans un tableau. Sauf qu'en même temps pour chaque couleur, tu maintiens le meilleur "copain" trouvé jusqu'à l'endroit où tu en es dans la séquence. (C'est l'affaire d'une petite comparaison à chaque étape)
À la fin, tu devrais directement avoir une liste des couples à utiliser.
Je sais pas si c'est très clair, enfin bon… Peut-être que ça pourra aider
