Pour la sélection du 5 V, je ne pense pas que ce soit nécessaire : vu que le circuit n'a d'intérêt que s'il est connecté à un port USB (qui fournit toujours du 5 V), et que ça remplace une Lynx (qui est censé fournir du 5 V aussi), pour moi tu peux hardwirer 5V à VBUS.

Pour le FT232RL, par rapport au schéma de référence, il manque un condensateur céramique de 4.7 µF entre la broche VCC et la masse, et un autre de 100 nF entre VCCIO et la masse.

Normalement il y a aussi une ferrite sur VBUS et des condensateurs de 47 pF entre D+/D- et la masse, mais c'est pas indispensable je pense

Pour la broche /RESET, tu es sûr qu'on peut la laisser déconnectée (je ne me souviens plus) ?

PS : pour le boîtier, prévois des trous de vis ^^