J'ai fini par prendre le temps de regarder un peu plus en détail (j'ai ouvert la page web sur le monitoring ).
J'avais deux VM en vrac, une à cause du VPN qui avait planté et qui crachait dans le syslog à fond (500 Mo/min... sur une partition de 2 Go), et l'autre également à cause du /var/log remplit, mais cette fois à cause de Plex (ça tombe bien, je voulais le virer vu qu'au final je le trouve pas aussi bien fichu qu'iTunes).
Du coup, j'avais trop de load sur la machine physique et pas mal d'écritures sur le disque.

Une fois les problèmes corrigés, ça allait beaucoup plus vite


Bon, maintenant, je sais au moins que je peux compter sur mon RAID5