flanker (./1) :
On peut distinguer deux cas :
- préférences utilisateur
Linux : ~/.config/mon.programme.xxx

- préférences globales
Linux : ... bonne question ça sera dans /etc/mon.programme/preferences.xxx s'il est installé dans /usr/bin ou dans /bin,
mais s'il est installé dans /opt/bin, j'imagine que c'est mieux de mettre dans /opt/etc...

Cf. http://standards.freedesktop.org/basedir-spec/basedir-spec-latest.html