L'emplacement du fichier doit être configurable par le mainteneur du package en principe.
Ça permet à chaque distribution de faire un package qui range les fichiers au bon endroit, vu que ça peut varier d'une distribution à l'autre en principe.

Par exemple, pour Debian les Debian Policies disent que :
Any configuration files created or used by your package must reside in /etc. If there are several, consider creating a subdirectory of /etc named after your package.

Pour les programmes en script je sais pas, mais pour les programmes compilés, on a souvent des ./configure qui prennent une option genre --conf-dir=/etc
Comme ça le mainteneur du package de la distribution a juste à passer au ./configure le chemin propre à la distrib cible quand il crée son package.