Pour Windows, il ne faut pas hardcoder les chemins (même partiellement), parce que les noms et la hiérarchie peut changer suivant la langue, la version de l'OS, la config, etc.

À la place, tu as une API pour obtenir les chemins : http://msdn.microsoft.com/en-us/library/bb762181%28VS.85%29.aspx
Et la façon de l'appeler en Python : http://stackoverflow.com/questions/3858851/python-get-windows-special-folders-for-currently-logged-in-user

Les CSIDL à utiliser dans ton cas, si je ne dis pas de bêtises :
CSIDL_APPDATA pour les fichiers de config liés à l'utilisateur
CSIDL_LOCAL_APPDATA pour les fichiers de config liés à l'utilisateur, mais uniquement relatifs à la machine locale (donc pas accessibles si l'utilisateur se logue sur une autre machine du réseau)
CSIDL_COMMON_APPDATA pour les fichiers de config communs à tous les utilisateurs

La liste complète des constantes est là : http://msdn.microsoft.com/en-us/library/bb762494(v=vs.85).aspx