Hum, normalement musescore doit pouvoir faire du multi instrumental ; sinon effectivement, sous Linux tu as deux grands séquenceurs qui permettent de faire audio ET midi : MusE (musescore est un projet-fille de MusE) et Rosegarden. Je ne les ai pas suivis depuis assez longtemps pour t'en conseiller l'un plutôt que l'autre.
Après, en séquenceur purement audio ("comme" Protools en commercial), il y a Ardour. Mais j'ai toujours eu besoin du MIDI de mon côté, donc jamais testé.