Euh...

cette quantité variable est celle qui a vraiment une importance dans notre vie, elle règle quand il fait jour et quand il fait nuit

Si je vais donc au bout de ton raisonnement, on devrait avoir une mesure temporelle qui change chaque jour, étant donné que l'on varie (à notre emplacement géographique) entre 8h de jour et 16h de nuit à 16h de jour et 8h de nuit selon la saison.
Parce que décrit comme cela, c'est comme si tu disais "La seconde atomique c'est nul, seul le cycle jour/nuit est valable : jetez tous vos montres et ressortez les cadrans solaires".
Autant dire qu'avec une mesure temporelle pareille, tu as intérêt à te trouver un autre boulot que bosser dans l'informatique.

Si ce n'était pas le cas, on n'aurait pas ce hack des secondes intercalaires.

On utilise les secondes intercalaires parce qu'il est plus simple de dire "une journée fait 86400 secondes" plutôt que "une journée fait 86399.999quelque chose". C'est toi même qui donne l'exemple à vouloir diviser le temps en segments décimaux pour simplifier les choses. Cette seconde existe à cause de la différence entre un phénomène stable (seconde atomique) et un phénomène variable (temps solaire).
Accessoirement il faudrait prouver en quoi ton système empêche l'arrivée de secondes intermédiaires. À moins que tu partes du principe "c'est pas grave si on zappe des secondes au bout de quelques années". Sauf que c'est ce genre de minuscule décalage qui a conduit à 11 jours de vide avec le calendrier grégorien.