NTP est capable de faire ça si le serveur lui envoie les instructions correspondantes pour rallonger la seconde. Les serveurs NTP de Google font d'ailleurs ça, mais ils étalent la seconde entière sur seulement une courte période (12 heures si je me rappelle bien), ce qui est beaucoup moins précis que ce que je propose. (C'est pour cela que l'utilisation de ces serveurs n'est pas conseillée pour les utilisateurs généraux.) Si le serveur NTP envoie qu'il y a une seconde intercalaire, le client obéit.

Quant au fuseau horaire, personnellement, je ne suis ni pour UTC+2 (heure d'été), ni pour UTC+1 (heure d'hiver), mais pour UTC (ou GMT) tout court pour l'Europe centrale (anti-heure d'été, quoi), pour les mêmes raisons pour lesquelles je préfère UTC+1 à UTC+2.