C'est pas du tout contraire au standard Unicode. C'est juste déconseillé principalement à cause de tous les outils de merde obsolètes codés par des linuxiens, qui ne gèrent pas le BOM...
La seule justification valide contre le BOM c'est que contrairement à l'UTF-16, l'endianness ne joue pas dans l'UTF-8...
Mais ça sert quand même comme identificateur de flux, et c'est bien plus pratique que de scanner un fichier texte à la recherche de caractères spéciaux.