Non c'est plus complexe que ça, ils utilisent aussi les sorties EXT3..0 de la PPU.

Je crois que j'ai pigé grâce à ce document : http://wiki.nesdev.com/w/index.php/PPU_pin_out_and_signal_description

EXTx allows the combination of two PPUs - setting the "slave" bit in the PPUCTRL register causes the PPU to output palette indices to these pins, and clearing said bit causes it to instead read indices from these pins (and use them to select the background color).

Ils disent que leur circuit intercepte et modifie les écritures sur la PPU, je pense qu'il force l'activation du bit "slave" pour pouvoir récupérer l'indice de palette du pixel en cours sur les broches EXT3..0. La conversion indice -> signal RGB étant fait par une LUT + 1 DAC par canal couleur.

Donc le rendu est effectivement fait par la PPU, mais la récupération de la couleur du pixel est numérique, donc pas de perte de qualité.