Je vois pas trop pourquoi les string / bytes posent problème, c'est bien deux types différents qui peuvent être traités différemment non ? Si j'ai bien compris, les chaines littérales sont par défaut des byte en Python 2 et des strings en Python 3. Si un programme Python 3 pouvait faire appel, dans un module traité en tant que Python 2, à une variable non spécifiée comme String, il recevrait un byte qu'il devrait convertir s'il veut pouvoir l'utiliser en tant que String, et vice versa.
Quant à la bibliothèque standard, comme je l'ai dit plus haut, les composants changés auraient certainement pu être dépréciés et remplacés par des nouveaux.