Bon, voilà : Fichier joint :

Au final, je lis le texte brut original avec fread, je recopie le buffer obtenu dans un autre, avec les traitements qui vont bien : shrink des espaces (optionnel), suppression des commentaires (optionnel), transformation des fins de ligne en 0x0D20 pour être TI-compliant (support de CR/LF/CRLF, et des fichiers aux fins de lignes inconsistantes ).
Une fois tous ces traitements réalisés, fwrite du buffer vers le nouveau fichier, et voilà.
Au début, j'avais fait une version avec fgetc/fputc/ungetc, mais c'et très vite galère, notamment à cause des vérifications d'erreur permanentes à faire, ce qui est toujours aussi génial pour pourrir un source C.

Voilà, merci à tous pour tout.