Dans ton cas, ça semble assez différent, peut-être une phénomène d'hyperacousie dans les infrasons. Les sources du bruit peuvent être multiples, mais la ventilation et les gros moteurs, usines, etc. sont assez souvent cités (ou un quelconque appareil qui ne fonctionne que la nuit dans ton immeuble, genre chauffe-eau - même si ça ne devrait pas faire ce bruit-là ?)
Pour mieux dormir, as-tu essayé des boules Quiès, tout simplement ? Elles risquent de ne pas être très efficaces à des fréquences aussi basses, mais je pense que ça vaut le coup de tester.
Une piste qui me semble intéressante serait d'essayer de mesurer le phénomène avec un micro :
- ça prouvera que ce n'est pas "dans ta tête"
- en enregistrant la nuit et avec du post-traitement, tu pourras obtenir les heures de début et de fin du bruit
- ça peut potentiellement t'aider à trouver la source, en te baladant avec ton micro (même si ça me paraît délicat)
- peut-être que l'analyse du spectre donnera un indice, sait-on jamais...