Pff faire interagir du Qt et du Win32… C'est quand même un peu chercher les emmerdes

• stdafx.h ça "ne sert à rien", c'est juste utilisé pour les en-têtes précompilées de VC++, en dehors de ça c'est un fichier .h tout à fait normal (qui inclut d'autres .h)
• Le subclassing c'est bien mais c'est plutôt une technique adaptée pour les cas où tu n'as pas accès au code de la fenêtre que tu veux bidouiller.
• En cherchant sur Google, j'ai trouvé http://doc.qt.io/qt-5/qabstractnativeeventfilter.html, je sais pas du tout comment ça s'utilise, mais j'aurais tendance à penser que c'est plus adapté.