Tu as regardé ce qui passe par ta méthode ? (C'est quoi comme messages: WM_COMMAND, WM_PAINT, … ? Est-ce qu'il y a toujours un HWND rattaché ou non ?)
Et est-ce que tu enregistres bien ta hotkey sur le thread d'interface de Qt ? (PS: Tu peux montrer le code d'appel de RegisterHotKey ?)