Pour le détail de la structure MSG: https://msdn.microsoft.com/en-us/library/windows/desktop/ms644958(v=vs.85).aspx ^^ (hwnd c'est le premier membre documenté)
Le thread d'interface, c'est le thread qui exécute ton code d'interface. (Genre la boucle de messages, par exemple)
Bien que sous Windows, chaque thread puisse avoir sa propre boucle de messages, en général tu n'en as qu'un seul et c'est de facto le thread d'interface
(En général, c'est même aussi le thread principal, mais ce n'est pas obligatoire ^^)

Avec Qt, je ne sais pas comment ça fonctionne à ce niveau là, mais il faut que tu sois sûr de faire ton appel à RegisterHotKey à l'intérieur du thread d'interface. (Par exemple en réagissant à un clic sur un bouton: Sauf bidouille, le code qui gèrera le clic sera exécuté dans le thread d'interface)