Mais est-ce que le NativeEventFilter de Qt gère aussi les messages "de thread" (non associés à une fenêtre) ?

J'associerais plutôt la hotkey à la fenêtre principale de l'application. Pour ça tu dois récupérer son HWND (c'est un handle Windows qui identifie les objets d'interface tels que les fenêtres, les boutons...). Apparemment il suffit de faire simplement (HWND)this->winId().