De mémoire MySQL a du mal avec les index en MyISAM, et la avec ta triple jointure tu fait marcher les indexes a fond.
Je ne suis pas expert MySQL c'est certain, et je dit ça de mémoire, et surtout je ne cherche pas a lancer un troll.

Je laisse les experts es MySQL trouver une vrai explication, mais mon premier réflexe serait de tester une base équivalente avec l'autre moteur pour voir si ca change quelque chose.

Surement pas du tout la meme chose mais : https://www.percona.com/blog/2006/05/29/join-performance-of-myisam-and-innodb/